「超能力開發研究所」突然遭到無數不明生命體的攻擊，研究所已經完全被破壞殆恶魔的美剧手术美剧。混亂中，原本在研究所中被實驗的超能力者小雷(10歲)與紗綾香(12歲)趁隙逃了出來。數月之後，不明生命體的政擊再度出現，這次的目標竟然是紗綾香，翔一聞訊之後立即變身為假面騎士顎門，與G3-X一同前住救援。突然...